年間の定期代いくらですか？
　ちょっと遠距離通勤している方なんかは、年間定期代で50万とか60万とか軽く超えますよね。東京駅〜埼玉大宮まで新幹線MAXたにがわを使えば、３ヶ月定期で15万円あまり、これに最寄り駅までバスがあったり私鉄があったりすると、年間60万円を軽く超えます。

　給料に対して、所得税率1〜2割、社会保険も約1割掛かりますから見逃せません。

　この通勤手当が給料コミコミであった場合、それは給料ですから所得税がかかってきますよね、でも通勤手当には原則所得税はかかりません。
　でも安心するのは早いです、社会保険（厚生年金・健康保険）料には関係してきます。

　２つの観点があります。所得税と社会保険。

　ただし以下の条件があります。
　下記を超えた分は「給料であった」と見なされます。
　
１．電車やバスだけの人
　　1か月、10万円までの定期代（実費分）

２．マイカー、自転車通勤の人

　上の額を超えると給料として課税されます。
（※）平成23年までは、「合理的な手段で電車やバスなどを利用して通勤しているとみなしたときの通勤定期券1か月当たりの金額を上限」という項目（←ぐるっと遠回りで定期代がかさむ人のための基準）もありましたが廃止されています。


　なお定期代ですが、普通の会社では６ヶ月定期とか３ヶ月定期で月割り計算しているようです。

　税金に関しては、この通勤手当に限らず、「貰った分がそのまま定期代に変わった」、という原則があります。差額があったりして儲けてしまってはいけません。そしてまた、通勤経路に関しては「合理的」という判断があります。
　
　なお、会社側の事務作業を言いますと、
　給料を課税分（いわゆる給料）と非課税分（この通勤手当など）に分け、課税分に対して源泉徴収税額表でもって、あらかじめ給料から税金を差し引いて（これが源泉徴収）、支払うということになっています。
　例えば、30万円の給料で、扶養人数が３人なら、税金3510円
　　　　　　　　〃　　　　　　　〃　　0人なら、税金8420円
　といった具合です。

　それから最後に１年通じた給与合計で税金を計算して、ここで源泉徴収された税金に過不足がでれば年末調整や確定申告で精算するという手続きになっています。
　→サラリーマンは、年末調整で税金を清算すれば、確定申告不要です。

　　ただし、医療費控除や、
　（天引きではなく）個人で入っていたり間に合わなかったりした保険の保険料控除、
　　雑損控除、などは確定申告で、清算可能。
　　その他諸々（住宅ローン控除の初年度とか、贈与をうけたとか・・・）も確定申告
　　です。（〜翌年3/15まで）
　

　通勤手当も、それから残業代も、危険手当なんかもすべて手当を含んで計算します。

　これらの合計額で、やはり一覧表を見て、その額の保険料を差し引くことになっていますが、若干所得税と違うところがあります。それは、毎月毎月表を引くのではなく、通常、4〜6月の平均給料（手当含む）で１年間の保険料が決めるということになっています。

　通勤手当を含みますので、同じ給料でも遠距離通勤の人は多く払うということになります。

　健康保険は多く払ってもメリットはありませんが、年金額はその分増えるので一概に損とは言えません。

　4〜6月だけ残業を減らして残りの月は頑張って残業手当をつけると、保険料は少なくなります。ま、多く払えば将来貰う年金額が増えますから少ないから良いかどうかは何とも言えませんが、極端にこの期間だけ残業が少なかったり多かったりというのは少し考え物かも知れません。（残業が自分で調整できる会社員の方は少ないと思いますけども）